Projektdaten

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Unkomplizierte Einzelzell-Transkriptomik (Straightforward Single Cell Transcriptomics); Analyse der S. aureus-Wirt-Interaktion

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Bei der Erforschung von Ursachen für Gesundheit und Krankheit verschiebt sich der Einsatz von "Next Generation Sequencing"-Technologien kontinuierlich von der Analyse von Zellpopulationen hin zu einzelnen Zellen. Dazu trägt vor allem die stetige Weiterentwicklung von "Long Read"-Sequenziermethoden bei, die in der Lage sind, die Limitationen konventioneller Sequenziermethoden zu überwinden. Im vorliegenden Projekt werden modernste Methoden in (delete „in“) der Zellbiologie, Zellisolation, "Next Generation"-Sequenzierung und Bioinformatik kombiniert, um eine neue Plattform für die Sequenzierung von Einzelzellen mit bisher unerreichter Genauigkeit zu entwickeln. Zu diesem Zweck schließen sich die drei Partner Jena Bioscience, das Universitätsklinikum Jena und ArgenTag zusammen, um die drei folgenden Ziele zu erreichen: Auf technologischer Ebene (1) soll eine neue Technik für die hochparallele "Long Read"-Sequenzierung (Multiplexing) von Volllängen-RNAs etabliert werden, welche anschließend als zweites Ziel für die Enzelzell-RNA-Sequenzierung angepasst wird. Ein drittes Ziel besteht darin, chronische Staphylokokken-Infektionen mit langfristiger intrazellulärer Persistenz zu erforschen. Seeking higher resolution view of health and disease, NGS-based technologies are steadily moving from the characterization of bulk populations of cells to individual ones. Meanwhile, long-read sequencing technologies are rapidly emerging as a vital tool to overcome critical limitations of conventional short-read counterparts. In this project, state-of-the-art methods in cell biology, cell isolation, NGS sequencing and bioinformatics are combined to develop a new platform for fully long-read single-cell RNA sequencing. Towards this end, three partners Jena Bioscience, Jena University Hospital (MIBI) and ArgenTag join strengths to achieve three interdependent goals: on a technological level (1) establish a new technique for fully long-read highly-multiplexed RNA sequencing and (2) for fully long-read single-cell RNA sequencing. A third goal is (3) parse chronic staphylococcal infections of long-term intracellular persistence by means of bulk and single-cell long-read RNA sequencing.